وبعد وفاة أحمد فؤاد حسن تولى عفت قيادة الفرقة، واستمر في قيادتها حتى رحيله.يُعد محمود عفت واحداً من كبار عازفي الناي فيالوطن العربي إلى جانب عزيز صادق وبدر الدين حلبية وعبد السلام سفر (السوريَّين)،فجعل من الناي آلة مهمة بعد أن كانت مرافقةً للتخت الشرقي وحسب [ر. الفرقةالموسيقية]. وإلى جانب العزف في الفرق، قدم عزفه المنفرد في تسجيلات وحفلات عامة،وتوزع عزفه مابين الارتجال، والقوالب الموسيقية المعروفة وخاصة السماعي[ر. الصيغالموسيقية]. وعزف كثيراً من القطع الموسيقية المؤلفة خصيصاً لآلة الناي مثل «دموعالليل» لأحمد فؤاد حسن، و«الناي الساحر» لمختار السيد، و«حوارية»[ر] «كونشرتوالناي» لعطية شرارة، وصدرت له العديد من الأسطوانات.وإلى جانب العزف؛ خاض محمود عفت مجال البحث الموسيقي فعمل خبيراً لآلة الناي في المعهد العالي للموسيقى العربية بالقاهرة منذعام 1968، وقام بوضع منهاج تعليمي لتدريسها، ووضع كتاباً دراسياً فيها، يُدرَّس حالياً في العديد من الدول العربية، كذلك وضع عدداً من الدراسات التاريخية عن هذه الآلة، من أهمها بحث تناول فيه الجذور الفرعونية لآلة الناي، وتناول البحث نايين تم العثور عليهما في مقابر سقارة، وقام بصنع نماذج من آلات الناي الفرعونية التيفي المتحف المصري والمرسومة في المعابد الفرعونية، من أجل معرفة قياسات وأبعادالسلم الموسيقي الذي كان مستخدماً في العهد الفرعوني.